负责尼尔基水利枢纽下游内蒙古灌区水利工程的建设、管理和保护。负责灌区安全生产管理；承担灌区行业技术标准、规程、规范的实施工作。负责灌区水质监测、水源和水面污染防治、水生态保护工作；协助开展防汛抗早工作。承担灌区管理和保护范围内的行政执法工作,协助有关部门调查处理水事纠纷等工作。负责对利用灌区水利工程设施、渠道水域从事旅游、水产养殖等经营活动的前置审查工作；负责灌区内修建建筑物及设施和在渠道上修建水电站的前置审查工作。承担编制灌区用水规划,制定灌区年度用水计划、水量分配方案、水量分析方案,统一调度灌区水资源分配及灌区内各乡镇用水计量工作。开展灌溉节水新技术推广,为灌区取水、用水单位和个人提供优质供水服务。负责组织实施灌区运行监控信息化建设；负责灌区自动化控制与运行维护,灌区信息采集、处理、应用、科研试验等工作。